基因工程药物国家工程研究中心是国家发展和改革委员会在基因工程药物领域正式批复组建的第一个也是唯一一个国家级工程研究中心，是生物医药技术科技成果向市场转化的孵化器。本工程中心于2004年6月立项申报，经过初评、答辩、现场考察及评估四个环节的论证评审后，国家发展和改革委员会于2005年6月正式批复组建。
本工程研究中心计划总投资1亿元，重点建设主体研发和工程验证二大基地，其中主体研发基地设在暨大本部，工程验证基地建设在广州开发区科学城。工程中心采取机制创新和技术创新并重的方针，建立以暨南大学为技术主体，联合湖南方盛制药股份有限公司，组成具有独立法人地位，产权明晰，自主经营，自负盈亏，按现代企业制度运行的科技开发经济实体和高水平创新与技术成果孵化平台。工程研究中心于2006年8月组建了广东暨大基因工程药物工程中心有限公司作为项目法人。公司实行资本金制，注册资金2500万元人民币。